武装要塞都市メカゴジラシティを起動させ、ゴジラに挑んだハルオ(宮野真守)らだったが、あと一息という所で失敗。更にその過程でビサイルドたちと地球人たちとの間に亀裂が生じる。ハルオは自信喪失し敗北感に苛まれていた。一方、エクシフの大司教メトフィエス(櫻井孝宏)はある目的の為に信者を増やしていた。監督は静野礼文&瀬下寛之、ストーリー原案と脚本は虚淵玄。
 アニメーション版『ゴジラ』3部作完結編。次作はもっと面白くなるのかな?盛り上がるのかな?と思っているうちに完結しちゃったな・・・。大きな難点や欠点があるとか非常に突っ込みたくなるとかではなく、漠然とさほど面白くないという、一番絡みづらい雰囲気になってしまった。怪獣の強さ能力設定や地球の変容度合いの設定等、ちょっと盛りすぎなくらいなんだけど、ドラマの濃さがその盛りの良さに追いついていないように思った。エクシフの「宗教」の設定には、ちょっと古さも感じる。このニュアンスは90年代末から00年代一桁台くらいなのでは・・・。今だと、わざわざそれやる?何度も見たやつでは?って気分になるのでは。
 個々の構成要素はそんなに悪くないのだろうが、組み合わせると食べ合わせが悪かったなぁという印象。これはゴジラというフォーマットでやるべき話だったのかな?と疑問に思った。ゴジラを外しても、文明の肥大化という設定さえあれば成立しちゃうんだよね。ゴジラを見たい人の為の映画ではないんじゃないかなと思う。私はゴジラにはさほど思い入れがないけど、本作のゴジラの見せ方にはあまり「怪獣」としてのスケール感とか魅力は感じなかった。今作のゴジラは過去最大サイズだけど、その大きさが映えていない。観客の予想を裏切るようなゴジラを!という意図だったのかもしれないが、だったらゴジラ使わなくてもいいよなぁ・・・。
 個人的にはあんまりぱっとしない印象の本作だが、櫻井孝宏劇場としては鉄板だった。櫻井孝宏が中の人のキャラといえばこういう感じだろう、という要素が集結されたセルフパロディような役柄でした、メトフィエス。